Ende der 1860er Jahre war die jüdische Gemeinde Münchens so stark angewachsen, dass die Errichtung einer „zweiten Synagoge“ in den Gemeindegremien als dringende Notwendigkeit diskutiert wurde. Über 2.000 Juden lebten in der Stadt und ein anhaltendes Wachstum der Gemeinde war abzusehen. Doch die Planungen für das Bauprojekt zogen sich jahrelang hin. Erst 1882 war die Gemeinde mit der Suche nach einem geeigneten Bauplatz erfolgreich, nachdem ihr auf persönliche Intervention König Ludwigs II. gegenüber der Maxburg ein geeignetes Grundstück zur Verfügung gestellt wurde. Dieser Baugrund war nicht nur wegen seiner zentralen Lage ideal; er erlaubte auch die Errichtung eines repräsentativen freistehenden Sakralbaus.

Unter den eingereichten Entwürfen setzte sich der Vorschlag des Münchner Architekten Albert Schmidt durch, der mit einem eindrucksvollen neoromanischen Langhausbau ein markantes städtebauliches Zeichen setzen wollte. Im Februar 1884 begannen die Bauarbeiten. Nach annähernd dreijähriger Bauzeit war die Synagoge mit 1.000 Männer- und 800 Frauenbetstühlen fertiggestellt. Am 16. September 1887 konnte die Einweihung des neuen Hauses gefeiert werden. Ein zeitgenössischer Kritiker würdigte die Synagoge als „ein völlig selbständiges Werk von ausgeprägter Eigenart, ein Denkmal, nicht nur des Meisters, der es geschaffen hat, sondern auch der Zeit, in der es erstand“.

50 Jahre lang stand die imposante Synagoge im Herzen Münchens. Auf persönliche Anweisung Hitlers erfolgte durch die Firma Leonhard Moll Anfang Juni 1938 kurzerhand der Abriss des jüdischen Gotteshauses, auf dessen Gelände ein Parkplatz eingerichtet wurde. Alle Proteste der Israelitischen Kultusgemeinde gegen diese barbarische Maßnahme waren zwecklos gewesen. Bei einem Abschiedsgottesdienst übernahm der weit über die Grenzen Münchens hinaus bekannte Kantor Emanuel Kirschner den Schlussgesang. 81jährig, nach jahrelangem Pausieren und mit – wie er selbst sagte - „gebrochenem Herzen“, sang Kirschner das „Gebet eines Leidenden, wenn er verzagt“. Die Münchner Synagoge fiel als erstes jüdisches Gotteshaus in Deutschland dem nationalsozialistischen Zerstörungswahn zum Opfer.

Nach Kriegsende erhielt die Israelitische Kultusgemeinde das Grundstück zurück und verkaufte es an die Stadt München. Seit 1969 erinnert ein Gedenkstein an die Hauptsynagoge. Im Einvernehmen mit der Kultusgemeinde veräußerte die Stadt vor wenigen Jahren das Grundstück an die Karstadt-Quelle AG, die hier einen Erweiterungsbau errichtet hat. Der Kauferlös wurde der Kultusgemeinde für die Errichtung einer neuen Synagoge und eines Gemeindezentrums am St.-Jakobs-Platz zur Verfügung gestellt.